《通知》明确，自2009年6月1日起，各级食品药品监督管理部门负责《餐饮服务许可证》的申请受理、颁发工作，并加强对实施餐饮服务许可的监督检查；各级卫生行政部门不再发放食品生产、流通和餐饮服务单位的食品卫生许可证；在政府部门机构改革职能调整到位前，各级食品药品监督管理部门指派工作人员参与卫生监督机构餐饮服务许可现场审核工作，参与实施餐饮服务环节、保健食品安全整治工作；对餐饮单位、学校食堂经营的食品和保健食品需要进行抽样检验的，卫生监督机构将所抽样品继续送公共卫生检测检验机构（疾病预防控制机构）进行检验，检验经费由食品药品监督管理部门会同卫生监督机构报请同级政府财政解决。
《通知》要求，各级卫生部门要按照省政府机构改革的部署安排，在当地政府的领导下，全面履行食品安全综合协调等职责；建立由卫生部门牵头、食品药品监督管理部门等多部门联合、社会各界广泛参与的食品安全综合协调机制；实行责任追究制，严肃查处食品安全监管工作中的失职、渎职行为；各级食品药品监督管理部门要积极、主动了解餐饮环节、保健食品情况，尽快熟悉和适应餐饮环节、保健食品监管工作；加强工作信息的互通，形成合力。
