整治的重点在主城区和各个区县县城所在地，内容包括彻底清理、整治无证照餐饮单位；对餐饮单位和学校食堂全面实施食品卫生监督量化分级管理制度。在餐饮单位和学校食堂、建筑工地食堂全面建立食品原辅材料进货检查验收制度，规范食品原辅材料索证管理；防止不合格食品原料和有害物质进入餐饮业和学校食堂、建筑工地食堂。同时，加强对农村地区餐饮、农家乐、旅游景点餐饮单位、建筑工地食堂的卫生监督，做好食物中毒事件和食源性疾患的预防控制工作。
专项整治方案对城市和农村地区提出了不同的要求。对城市无证照餐饮经营单位的查处率达100%；餐饮单位和学校食堂食品卫生监督量化分级管理制度实施率达95%以上；建筑工地食堂95%达到《重庆市建筑工地食堂基本卫生要求》。在农村地区，严禁餐饮、农家乐、旅游景点餐饮单位使用病死或者死因不明的禽畜等及其制品以及有毒有害物质加工食品，监督检查覆盖率达100%。对发现采购、使用病死或死因不明的畜禽肉及其制品、劣质食用油、不合格调味品、工业盐、非食品原料，滥用食品添加剂以及不按要求对原辅材料进行索证审查和检查验收等行为的查处率100%。
